La traccia più antica dell’Uomo finora rinvenuta nella zona dell’Isola Bisentina risale alla fine dell’Età del Bronzo: è una piroga monossile ritrovata nel 1989, in località Punta Calcino.

Altre testimonianze di epoca etrusca, come le tombe a fossa, e poi romana dimostrano che l’isola era certamente frequentata.

Va menzionato il rinvenimento di un relitto con una carica di tegole e coppi al largo di Punta Zingara. Materiale che il Professor Pietro Tamburini colloca nel periodo arcaico (secolo VI-V a.C.) paragonabili ai fittili di Acquarossa.

La Bisentina si popola nel secolo IX, divenendo rifugio dalle incursioni saracene per gli abitanti dei paesi circostanti al lago.

A metà del ‘200, dopo varie vicende, divenne proprietà dei signori di Bisenzio che per controversie con gli isolani la incendiarono e la abbandonarono.

Sul finire del secolo XIII è documentato che su tutte e due le isole esistevano ancora due piccoli castelli in via di abbandono e abitati in prevalenza da pochi pescatori.

Nel 1261 papa Urbano IV incluse l’isola Bisentina e Martana nei possedimenti della Chiesa. Dalla fine del XIV secolo diventa proprietà dei Farnese e conobbe una prosperità che dura per circa due secoli e mezzo.

Dopo il 1431 anche con il finanziamento dei Farnese, fu costruito sull’isola il Convento annesso alla chiesa di San Giovanni Battista. Questa chiesa fu sostituita nel 1588 dall’Oratorio del Monte Calvario. Il convento fu affidato ai frati minori Osservanti che nel 1599 lasciano l’isola, non potendo più sopportare i disagi causati tra l’altro dalla malaria.

Dal 1500 l’isola divenne la residenza estiva dei Farnese, anche papa Paolo III Farnese ci veniva spesso e poi il nipote, il cardinale Alessandro. La Bisentina riceveva la visita di papi e di personaggi della Curia e della cultura.

La Bisentina faceva parte del famoso Ducato di Castro dei Farnese, dal 1537 al 1649 data della distruzione di Castro, da parte delle truppe pontificie.

Dal 1800 l’isola è in proprietà privata della famiglia nobile dei Principi del Drago e discendenti, che vivono a Bolsena.