L’Oratorio del Calvario o della Crocifissione sorse in sostituzione alla preesistente chiesetta dedicata a San Giovanni Battista affidata ai frati Minori Osservanti nel 1431 da papa Eugenio IV, in un breve.
Ci fu l’approvazione di Ranuccio Farnese il vecchio per l’affidamento.
A quella data, la chiesetta di San Giovanni necessitò di essere ricostruita, serviva inoltre un convento annesso per i frati. Ai lavori contribuirono certamente i Farnese che decisero di realizzare i sepolcri di famiglia nella stessa chiesa.
Al posto di questa fu realizzato l’Oratorio del Calvario o della Crocifissione, commissionato dal cardinale Alessandro Farnese il giovane nel 1588.
È questo l’Oratorio che si vede ancora oggi e in cui venne rimontata la tomba di Ranuccio Farnese il vecchio, realizzata nel 1499, l’anno prima della sua morte.
Qui riposano, anche le spoglie di Pier Luigi Farnese, la moglie Gerolama Orsini, il figlio cardinal Ranuccio Farnese.
Invano è stata cercata la tomba di Clelia, la figlia segreta del cardinale Alessandro Farnese il giovane, sull’isola.
