L’isola Martana si popola nel secolo IX d.C., di gente che fugge dai paesi circostanti dall’invasione dei Saraceni.
Nello stesso tempo viene fondato il Convento di S. Stefano. Fino alla metà del secolo XI ci vive una comunità di monaci e delle genti delle rifugiatesi sull’isola dalle invasioni normanne, che si organizzarono in libero Comune.
La roccaforte della Martana nei secoli a seguire diviene oggetto di contese tra Viterbo, lo Stato della Chiesa, Orvieto e signori locali.
Nel 1459 la custodia delle chiese e dei conventi passa agli Agostiniani che lasciano definitivamente nel 1511.
Anche la Martana apparteneva dalla fine del secolo XIV ai Farnese che preferiscono però occuparsi della loro residenza sulla Bisentina.
Nel 1543 arrivano i Calmaldolesi, ma nel 1549 se ne vanno. Nel 1574 subentrano i Minimi di San Francesco di Paola.
Con la caduta del Ducato di Castro dei Farnese, nel 1649, l’isola si svuota di vita. Nel 1690 quando il Padre provinciale dei Minimi, Corradi, arriva in visita pastorale, trova una chiesa abbandonata e nessuna traccia dei frati.
Dopo le soppressioni napoleoniche dei beni ecclesiastici nel 1810 e il successivo ripristino del Governo Pontificio, del 1814, Pio VII riunì l’Isola Martana in un breve del 1816, al Seminario Barbarigo di Montefiascone.
